Tomoya Okazaki est un lycéen en troisième année. Il entretient une mauvaise relation avec son père depuis que celui-ci est devenu alcoolique, et qu'une dispute a amené son père à le blesser à l'épaule. Une distance s'est donc installée depuis longtemps entre eux deux: Tomoya préfère pour cette raison trainer hors de chez lui, et commence à être considéré comme un délinquant. Il n'aime pas la vie qu'il mène. Mais sa rencontre avec Nagisa va changer sa vie. Il commença alors à rêver d'un monde sombre habité seulement par une jeune fille capable de créer des objets en assemblant des ordures. Cette fille fabrique un corps pour Tomoya, et ces deux-là constituent les seuls "survivants" de ce monde.